Penyelenggaraan pendidikan dan pembelajaran dilaksanakan pada tahun akademik di Pesantren Darul Qalam Sekapuk Ujungpangkah Gresik di bawah pengelolahan Yayasan Darul Qalam. Program diselenggarakan berdasarkan kualifikasi sebagai berikut ;
1. Pendidikan Diniah
a. Marhalah Ula
Penyelenggaraan Pendidikan Diniah Tingkat Ula / (MI/SD) diikuti oleh calon santri/siswa yang dinyatakan lulus dan memiliki “Syahadah” / Ijazah dari jenjang TK/RA atau sederajat yang dinyatakan memenuhi standar kualifikasi untuk mengikuti jenjang Pendidikan Diniah Ula setelah dinyatakan lulus “kualifikasi” ujian masuk. Masa pembelajaran Pendidikan Diniah Ula akan diselesaikan dalam waktu 6 tahun dan kelulusannya dinyatakan dengan pemberian “Syahadah”/ Ijazah.
b. Marhalah Wusta
Penyelenggaraan Pendidikan Diniah Tingkat Wusta/(MTS/SMP) diikuti oleh calon santri/siswa yang dinyatakan lulus dan memiliki “Syahadah” /Ijazah dari jenjang Diniah Tingkat Ula, MI, SD, atau sederajat yang dinyatakan memenuhi standar kualifikasi untuk mengikuti jenjang Pendidikan Diniah Tingkat Wustha setelah dinyatakan lulus “kualifikasi” ujian masuk. Masa pembelajaran Pendidikan Diniah wustha akan diselesaikan dalam waktu 3 tahun dan kelulusannya dinyatakan dengan pemberian ““Syahadah”/ Ijazah.
c. Marhalah Ulya
Penyelenggaraan Pendidikan Diniah Tingkat Ulya diikuti oleh calon santri/siswa yang dinyatakan lulus dan memiliki “Syahadah” /Ijazah dari jenjang Wusta atau sederajat yang dinyatakan memenuhi standar kualifikasi untuk mengikuti jenjang Pendidikan Diniah Tingkat Ulya setelah dinyatakan lulus “kualifikasi” ujian masuk. Masa pembelajaran Pendidikan Diniah Tingkat Ulya akan diselesaikan dalam waktu 3 tahun dan kelulusannya dinyatakan dengan pemberian “Syahadah”/ Ijazah. Setelah dinyatakan lulus Pendidikan Diniah Ulya dapat melanjutkan ke jenjang Pendidikan Tinggi (Universitas, Institut, Sekolah Tinggi, Ma’had Aly)
